La infección humana puede ser asintomática o causar enfermedad respiratoria aguda (leve o grave) o encefalitis letal. Las personas infectadas presentan inicialmente síntomas gripales (fiebre, cefaleas, mialgias, vómitos y dolor de garganta).
Esto puede ir seguido de mareos, somnolencia, alteración de la consciencia y signos neurológicos que indican encefalitis aguda. Algunas personas también pueden sufrir neumonía atípica y problemas respiratorios graves, como disnea aguda. En casos graves aparecen encefalitis y convulsiones, que progresan al coma en 24 a 48 horas.
La mayoría de las personas que sobreviven a la encefalitis aguda se recuperan por completo, pero se han descrito afecciones neurológicas crónicas que perseveran. La tasa de letalidad estimada es del 40% al 75%, pero puede variar. No hay medicamentos específicos ni vacunas para la infección por el virus de Nipah, pese a que es prioritaria en el plan de investigación y desarrollo de la OMS.