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Nuestras bacterias están hablando: Recién comenzamos a entender lo que dicen
El microbioma humano es esencial para nuestra salud, pero los científicos todavía saben muy poco al respecto. Dos investigadores se propusieron mapear este terreno en gran medida inexplorado.
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NUEVA YORK.- A mediados de la década de 2010, cuando aún eran becarios posdoctorales en el Instituto Tecnológico de Massachusetts (MIT), Mathilde Poyet y Mathieu Groussin se encontraban constantemente con diferentes aspectos del mismo obstáculo. Poyet, ecóloga y microbióloga, intentaba estudiar especies bacterianas raras, del tipo que nunca antes se había cultivado en un laboratorio. Groussin, biólogo computacional en el mismo laboratorio, quería entender cómo los humanos y los microbios evolucionaron juntos a lo largo de milenios. Cada uno estaba enfocado en los microbios que habitan dentro y sobre el cuerpo humano, lo que los científicos denominan colectivamente el microbioma humano. Pero las únicas muestras con las que podían trabajar provenían del mismo pequeño sector de la humanidad: poblaciones ricas, occidentales y blancas.
“Alrededor del 90% de toda la diversidad humana quedó completamente fuera de la imagen”, me dijo Groussin recientemente. Era como si alguien hubiera iluminado con una linterna brillante un pequeño segmento de un lienzo gigante y hubiera dejado el resto sumido en la oscuridad. El punto brillante estaba bien definido (imaginen el rostro de un hombre). Pero no podían saber realmente qué estaban mirando (si ese hombre era un monje, por ejemplo, o un matador) sin ver el resto del lienzo.
Los científicos se refieren a este vasto terreno inexplorado como la materia oscura de la biología. Nuestros cuerpos albergan más bacterias —en nuestra piel, en nuestras narices, en nuestros intestinos y bocas y alrededor de nuestros genitales— que estrellas hay en la Vía Láctea. Estos microbios han evolucionado no solo con nosotros sino dentro de nosotros, y los científicos que los estudian de cerca dicen que difícilmente exista un proceso o sistema biológico en el que no desempeñen algún papel. Ayudaron a crear nuestros sistemas digestivos y nuestros sistemas inmunológicos. Influyen en el tamaño y la forma de nuestros cuerpos. Al menos algunas investigaciones sugieren que también afectan nuestros cerebros, estados de ánimo, personalidades y comportamientos. Y, sin embargo, la mayoría de ellos aún no ha sido identificada, mucho menos estudiada.
Resultaba tentador pensar en lo que una imagen más completa podría revelar. En los últimos años, los científicos relacionaron el microbioma intestinal con una larga lista de afecciones, incluidas la enfermedad de Crohn y el síndrome del intestino irritable, el Parkinson, la demencia y el autismo, y tenían la esperanza de que una mejor comprensión de esos vínculos condujera a tratamientos, si no a curas. También examinaban la gama casi inescrutable de moléculas que producen los microbios en busca de tesoros biológicos: no solo posibles medicamentos, sino también compuestos capaces de descomponer contaminantes o reparar ecosistemas dañados.
Pero los desconocidos seguían superando ampliamente a los conocidos: nadie podía decir con certeza qué se consideraba un microbioma saludable o si uno no saludable podía ser alterado intencionalmente. Tampoco estaba claro si los cambios en el microbioma individual de una persona eran una causa de enfermedad o una consecuencia.
Poyet y Groussin sospechaban que las respuestas a esas preguntas no estaban en el 10% del lienzo que los científicos observaban, sino en el 90%. Tenían conversaciones largas y digresivas —en el laboratorio y en casa, durante comidas apresuradas y, ocasionalmente, largas caminatas— sobre cómo descubrir esa imagen más amplia. Hasta entonces habían reunido datos y muestras de manera fragmentaria, a partir de colegas y colaboradores. Lo que necesitaban, en cambio, era un enfoque integral: recolectar tantas muestras de microbioma de tantas comunidades diferentes en tantas partes del mundo como fuera posible y luego entrevistar a las personas que aportaran esas muestras sobre cualquier factor que pudiera estar afectando sus ecosistemas microbianos internos, incluidas sus dietas y estilos de vida.
Era una idea descabellada. Eran científicos de laboratorio con casi ninguna experiencia de campo entre ambos. También eran simples posdoctorados, lo que significaba que la siguiente etapa de sus carreras ya estaba prácticamente escrita. Se suponía que pronto abrirían sus propios laboratorios y tendrían que publicar tantos artículos científicos como fuera posible para obtener el financiamiento que los mantendría en funcionamiento. Un proyecto como este —una iniciativa mundial de muestreo microbiano— significaba postergar todo eso, posiblemente durante años. Y si fracasaba, sus carreras académicas podrían terminar antes incluso de haber comenzado.
Pero una vez que se les ocurrió la idea, les resultó imposible abandonarla. Trazaron un plan rudimentario, consiguieron algo de financiamiento y, en poco tiempo, se lanzaron mucho más allá de la comodidad de sus laboratorios en el MIT. Fueron a Nepal e Irak, Tailandia y Malasia, Ruanda y Tanzania. Caminaron durante días para llegar a algunas comunidades y visitaron otras a las que solo se podía acceder en barco o helicóptero. Entre esas expediciones se casaron, formaron una familia y se incorporaron al cuerpo docente de la Universidad de Kiel, en Alemania. Para 2024, su laboratorio albergaba uno de los repositorios de bacterias vivas más grandes y diversos del mundo. Lo llamaron Global Microbiome Conservancy.
“Es similar a lo que se obtiene con un banco de semillas, que es, al menos en teoría, la capacidad de reconstituir un organismo incluso después de que se extinga”, dice William Hanage, epidemiólogo de la Escuela de Salud Pública T.H. Chan de Harvard. “Pero en cierto modo es aún más emocionante, porque cuando preservás un microbioma completo, como hacen ellos, básicamente estás rescatando un ecosistema microscópico entero”. El rescate microbiano puede sonar extraño. “Salven a la E. coli” no tiene el mismo impacto que “salven a las ballenas”. Pero los microbios enfrentan tanto peligro como cualquier mamífero carismático. Y los microbiomas podrían albergar tanto potencial sin explotar como cualquier selva tropical o desierto ártico.
Los científicos no son los únicos entusiasmados con ese potencial. En la década transcurrida desde que Poyet y Groussin comenzaron su búsqueda global, la idea de que podríamos curar casi cualquier cosa que nos aqueje ajustando nuestros microbiomas ayudó a generar un mercado multimillonario (pruebas de diagnóstico, suplementos probióticos, péptidos) y todo un subgénero en las redes sociales (#guttok). “Hace uno o dos siglos”, me dijo Hanage, “cada vez que ocurría algo en el cuerpo que no podíamos explicar, se lo atribuíamos a Dios. Ahora culpamos al microbioma”.
Pero, como están descubriendo los científicos, el microbioma no es una entidad fija. De hecho, varía tanto entre distintas personas y lugares que ni siquiera conceptos básicos como “saludable” o “enfermo” son universales. “Construimos un modelo estadístico que puede predecir con precisión si una persona en Estados Unidos, Canadá o Europa Occidental está sana o enferma según la composición de su microbioma intestinal”, me dijo Groussin. “Pero cuando aplicamos ese mismo modelo a personas que viven en cualquier otra parte del mundo, falla por completo”. Esa variación no es una mera curiosidad, dicen él y Poyet. Es la clave para entender cómo influimos sobre nuestros microbiomas, cómo ellos influyen sobre nosotros y qué significa esa relación para la salud humana.
Cuando conocí a Groussin, a fines de octubre de 2024, acababa de volar más de 20 horas desde Kiel, Alemania, hasta Asunción, Paraguay, para lo que sería la segunda expedición sudamericana de la organización. Poyet, embarazada de seis meses de su segundo hijo, se había quedado atrás. “Por favor”, me imploró. “Mathilde es la verdadera heroína de esta historia. Ella lideró la mayor parte del trabajo para este viaje, incluidas todas las preparaciones. La única razón por la que estoy aquí en lugar de ella es que está en casa, embarazada de nuestro bebé”.
Groussin y su equipo planeaban viajar otras 10 horas aproximadamente hasta la reserva indígena Cerro Itá Guazú, cerca de la frontera entre Brasil y Paraguay, donde recolectarían sangre, saliva, heces y secreciones vaginales de tantas personas como estuvieran dispuestas a participar. Pero casi todo el equipo que necesitarían para ese trabajo —los productos químicos y recipientes, el tanque de almacenamiento altamente especializado y los 1000 tubos de ensayo que ya habían etiquetado— estaba retenido en la aduana debido a un problema con la documentación. No estaba claro cuándo, o incluso si, ese inconveniente podría resolverse, pero con un año de planificación y una inversión considerable de tiempo y dinero en juego, sus colaboradores paraguayos estaban inquietos. “Posiblemente estamos muy jodidos”, dijo Walter J. Sandoval Espínola, microbiólogo de la Universidad Nacional de Asunción, mientras los dos científicos y media docena de colaboradores se reunían frente a la pizarra que ocupaba una pared entera de su laboratorio.
Groussin parecía imperturbable. “Vamos a encontrar una solución”, dijo, encogiéndose de hombros. “Definitivamente hemos pasado por cosas peores”. Unas horas más tarde, habían comprado, pedido prestado o improvisado la mayor parte de lo que necesitaban, incluido un tanque portátil de nitrógeno líquido, varios cientos de tubos de ensayo que ahora tendrían que volver a etiquetar y docenas de recipientes plásticos con tapa en los que los participantes del estudio podrían defecar. Los recipientes eran transparentes, por lo que tendrían que cubrirlos con papel o papel de aluminio.
“La gente suele ser pudorosa con sus heces”, explicó Groussin. “Si los recipientes son transparentes, será menos probable que regresen con muestras”. Tenía otras preocupaciones similares, que fue enumerando para el grupo a medida que avanzaba la tarde y el cielo se volvía púrpura a través de la ventana detrás de él. Tendrían que asegurarse de que el consentimiento de una mujer fuera suficiente para realizar hisopados vaginales (en algunos lugares, los hombres habían protestado). También tendrían que obtener el permiso de los líderes tribales para deshacerse de las heces sobrantes. “Sería insalubre dejarlas aquí”, dijo. “Pero llevárselas también puede ser complicado, porque en algunas aldeas que visitamos los ancianos se preocuparon de que estuviéramos haciendo brujería”.
Mauricio Molinas-Vera, candidato a doctorado en el laboratorio de Sandoval Espínola que actuaría como traductor del equipo, tenía otro conjunto de preocupaciones. La principal era cómo decir “microbioma” en la lengua nativa de la tribu. “¿Cómo se lo describís a los chicos?”, le preguntó a Groussin. “Solo necesito la explicación más básica para poder comunicarlo en guaraní”.
La cuestión de qué es un microbioma y cuál es la mejor manera de describirlo se complicó en los últimos años por lo que los científicos están encontrando en el campo y en sus laboratorios. Entre otras cosas, la organización descubrió que los microbios hablan entre sí de maneras que afectan directamente su capacidad de supervivencia. Los científicos saben desde hace mucho tiempo que las bacterias intercambian ADN con facilidad, transmitiéndolo no solo a su descendencia sino también entre vecinos al azar, como los humanos intercambian chismes. (El término científico para esto es transferencia horizontal de genes). Pero, como informaron Poyet y Groussin en un artículo de 2021 publicado en la revista científica Cell, estos intercambios son más frecuentes de lo que se pensaba. Las bacterias intestinales pueden adquirir hasta 100 genes nuevos por año en promedio.
También parecen cumplir funciones específicas. En comunidades que consumen mucha fibra, intercambian más genes involucrados en la descomposición de la fibra. En lugares donde el uso de antibióticos es particularmente alto —donde los agricultores tratan al ganado con antibióticos, por ejemplo— intercambian más genes de resistencia a los antibióticos. Y en las ciudades, donde los humanos viven más cerca unos de otros, intercambian más genes que les ayudan a propagarse entre las personas. (El impacto de estos intercambios en sus huéspedes humanos depende totalmente de los microbios en cuestión. El contagio y la resistencia a los antibióticos son malos cuando ayudan a que prosperen las bacterias equivocadas. Pero cuando esos mismos rasgos se confieren a cualquiera de los innumerables microbios que promueven y protegen la salud humana, el resultado es positivo).
Este diálogo microbiano también varía según el entorno humano en el que se desarrolla. En comunidades no industrializadas —aquellas que no tienen plomería interna, muchos antibióticos o mucha comida procesada— los microbiomas humanos tienden a ser robustos y diversos, y su intercambio es relativamente tranquilo. En las comunidades industrializadas parecen más frenéticos. Los microbios no solo intercambian más genes y más rápidamente; también provocan respuestas más intensas de sus huéspedes humanos, incluidas más señales de estrés y más inflamación.
Si imaginás el intestino humano como un vecindario poblado por una mezcla de células microbianas y humanas, entonces los vecindarios alcanzados por la industrialización parecen estar marcados por una mayor discordia. Los vecinos pelean más (y más fuerte); la policía responde con mayor intensidad, a veces con una reacción desproporcionada; y los propios microbiomas parecen estar en declive. Menos bacterias —y quizás, más importante aún, menos tipos de bacterias— residen allí con cada nueva generación. Este adelgazamiento es tan pronunciado que, en las sociedades occidentales, incluso los microbiomas de personas sanas pueden parecerse a los de personas que padecen enfermedades crónicas.
Es bastante fácil adivinar las causas de este declive. “A los microbios no les gustan los antibióticos, por razones obvias”, me dijo Groussin camino a Cerro Itá Guazú. “No les gustan las cesáreas, que les quitan la oportunidad de colonizar nuevo territorio humano. Y odian las dietas ultraprocesadas. Las tres son más frecuentes en un mundo industrializado”. También es fácil especular sobre sus efectos. Los ecosistemas menos diversos tienden a ser menos estables y más susceptibles a todo tipo de invasiones. Pero, como los científicos están descubriendo ahora, casi todo sobre el microbioma intestinal depende del contexto.
“Las bacterias que parecen beneficiosas en un entorno pueden ser neutrales o incluso estar asociadas con enfermedades en otro”, dijo Groussin. “También vemos microbiomas completos que parecen enfermos, pero resultan estar bien adaptados a sus entornos específicos”. Él y Sandoval Espínola mencionaron varios ejemplos. Una abundancia de especies de Treponema en el intestino es normal en algunas poblaciones de bajos ingresos y una señal de enfermedad en muchas de ingresos más altos. Lo contrario ocurre con Bifidobacterium, que se relacionó con una mejor digestión y menos inflamación en los microbiomas intestinales occidentales, pero se asocia con un índice de masa corporal más alto en Paraguay. Y aunque los microbiomas intestinales de personas sanas en países desarrollados u occidentales pueden parecer enfermos, también tienden a albergar mayores proporciones de Akkermansia muciniphila y Faecalibacterium prausnitzii, que poseen propiedades antiinflamatorias.
Los científicos no pueden decir con certeza por qué sucede esto, pero Groussin y sus colegas sostienen que el microbioma puede estar adaptándose en tiempo real a su entorno. “Ayudaría a explicar muchos de estos hallazgos que parecen tan contradictorios”, me dijo. “Pero, obviamente, tenemos que recolectar y estudiar muchos más microbiomas de muchas más comunidades antes de poder afirmarlo realmente”.
La reserva indígena Cerro Itá Guazú se encuentra al cruzar un puente destartalado al final de un largo camino de barro, bajo una formación rocosa distintiva que la tribu reconoce como una especie de deidad. El bosque circundante es un foco de actividad guerrillera, y la organización sin fines de lucro que ayudaba a Groussin y Sandoval Espínola con el trabajo comunitario tenía algunas preocupaciones. Tendríamos que abandonar la reserva antes del anochecer para evitar poner a alguien en riesgo, insistieron. No era lo ideal para Groussin, que prefiere pasar tanto tiempo como sea posible en las comunidades que visita. Pero esta tribu era pequeña, de apenas unas 200 personas. Y, en cualquier caso, las ambiciones de los científicos eran modestas: necesitaban apenas unas 30 muestras fecales viables.
Cuando llegamos, casi 50 personas —madres y abuelas con faldas floreadas, agricultores con gorras polvorientas, niños inquietos con remeras de Disney y sandalias de plástico— ya estaban esperando afuera del centro comunitario. Hacía calor y parecían cautelosos. La organización no era el primer grupo de científicos que llegaba en busca de muestras, me contaron algunos más tarde. La mayoría de esos investigadores había querido sangre u orina. Algunos también se habían llevado plantas y tierra. Pero pocos se habían tomado el trabajo de explicar qué estaban haciendo y ninguno había regresado para compartir sus hallazgos.
Recibieron la promesa de Groussin con escepticismo. Mientras esperaban, circulaba entre ellos una broma habitual. Un hombre estaba tan entusiasmado por recibir noticias de un médico que había visitado la tribu para tratarle un dolor de espalda que olvidó indignarse cuando le dijeron que sus riñones estaban fallando y que el médico solo tenía analgésicos para ofrecerle. Pero, con la clínica más cercana a 30 kilómetros de distancia, con la mayoría de los nacimientos ocurriendo todavía en los hogares y con buena parte de la atención médica de la comunidad en manos de una única curandera o sanadora tradicional, estaban dispuestos a darle a este nuevo visitante el beneficio de la duda.
A medida que comenzaba el trabajo, tres mujeres jóvenes se acercaron a una de las mesas de los científicos y anunciaron, entre risas pero sin una pizca de incomodidad, que habían venido para someterse a hisopados vaginales. Parecía una buena señal. Una vez, contó Groussin entre risas, viajó al otro lado del mundo y regresó con apenas 12 muestras porque los participantes de su estudio, aunque estaban entusiasmados, se sentían demasiado incómodos para defecar. Esta tribu no parecía tener ese problema.
Mantener vivas las bacterias que habitan en los seres humanos una vez que abandonan sus nichos dentro del cuerpo es una tarea complicada. Los científicos deben asegurarse de que las muestras fecales sean entregadas, clasificadas, procesadas y preservadas lo más rápido posible después de que la materia fecal entra en una atmósfera rica en oxígeno, en parte porque el oxígeno mata a los microbios que viven en nuestro intestino. Muchos investigadores de microbiomas evitan esos dolores de cabeza dejando que los microbios mueran y preservando solo su ADN. Pero las bacterias vivas que recolectan Groussin y Poyet les permiten formular preguntas que el ADN por sí solo no puede responder. ¿De qué compuestos se alimenta un microbio determinado? ¿Qué moléculas produce? ¿Cómo interactúa con sus vecinos en distintas condiciones?
El cuestionario que debe completar cada participante de la organización comprende más de 100 preguntas: qué medicamentos toma una persona (los antibióticos o antiparasitarios son excluyentes debido a su efecto sobre el intestino), qué alimentos consume con mayor frecuencia y una larga lista de preguntas de seguimiento derivadas de esas respuestas. La leche en polvo cuenta como producto lácteo, pero el “helado”, si está hecho solo de azúcar y hielo, no. Tomado frío, el mate cocido que constituye un alimento básico entre los sectores pobres e indígenas de Paraguay probablemente esté cargado de bacterias provenientes del agua sin filtrar de la que dependen la mayoría de las comunidades. Tomado caliente, probablemente no. “La nutrición es el dato biológico más difícil de registrar”, dice Groussin. “¿Cómo medís la frecuencia, la estacionalidad, la composición química? Es todo un campo de investigación para el que no tenemos capacidad”.
Se sabe que los residentes de Cerro Itá Guazú viven de los cultivos que siembran, del ganado que crían y de la miel producida por sus abejas. Pero mientras esperábamos que los participantes regresaran con sus muestras fecales, Groussin señaló la basura dispersa en los patios a nuestro alrededor, que complicaba esa imagen. “Hay pistas por todos lados sobre lo que está ocurriendo en el microbioma”, dice. “La gente dice que no bebe, pero después encontrás botellas vacías de cerveza o licor. O pensás que comen principalmente lo que ellos mismos crían o cultivan, y después ves envases de yogur, botellas de gaseosa y bolsas de papas fritas entre sus residuos”. Los envoltorios de helado indican refrigeración y, por lo tanto, electricidad. Una motocicleta sugiere acceso fácil a supermercados o almacenes (y, por lo tanto, a alimentos procesados). Las duchas y los fregaderos (al menos en algunos edificios) indicaban que Cerro Itá Guazú ya estaba transitando el paso de una comunidad rural a una industrializada.
Si la investigación de Groussin y Poyet sirve como indicador, los microbiomas de la tribu ya podrían estar adelgazándose. Y, si las proyecciones demográficas globales son correctas, los residentes de Cerro Itá Guazú están lejos de ser los únicos. Alrededor del 70% de la población mundial vivirá en áreas urbanas para 2050, según las Naciones Unidas.
El temor de que los microbiomas rurales e indígenas estén siendo arrasados por la modernidad provocó una carrera entre algunos microbiólogos para recolectarlos y preservarlos. Pero Groussin y otros sostienen que esa forma de pensar es simplista. El desarrollo humano nunca avanzó de manera ordenada a lo largo de un continuo que va de lo primitivo a lo moderno. Los cazadores cultivaban y los agricultores cazaban. Incluso hoy, la urbanización avanza de manera irregular. “No existe algo así como un estado puro o primitivo cuando uno mira con atención”, dijo Groussin. “Los hadza de Tanzania todavía son conocidos como una tribu tradicional de cazadores-recolectores, pero utilizan luces eléctricas para aturdir a sus presas antes de matarlas con flechas rudimentarias. ¿Qué los convierte eso? ¿No deberíamos tomar muestras allí porque usan antibióticos para tratar la neumonía?”.
También sería prematuro, y quizás éticamente cuestionable, asumir que la extinción microbiana es una conclusión inevitable. “Ese es el mismo razonamiento que utilizaban los antropólogos en el siglo XIX”, dice Groussin. “Decían: ‘Estas tribus se extinguirán, así que tenemos que tomar su arte y sus artefactos y preservarlos en nuestros museos’. Era muy ´Indiana Jones’, y es algo que queremos evitar cuidadosamente reproducir”.
Antes de dejar Cerro Itá Guazú, visité a la curandera, una mujer mayor encorvada pero enérgica, que vivía en una choza de madera junto a la escuela de una sola aula de la reserva. Describió el bosque como una farmacopea, en la que ella y otros confiaron durante generaciones para tratar toda clase de enfermedades. Pero últimamente, dijo, sentía que ese conocimiento estaba en peligro. Las hijas ya no mostraban el mismo interés en aprender de sus madres. E incluso en el remoto Cerro Itá Guazú, sus remedios a base de plantas convivían en tensión con la medicina moderna y con problemas aparentemente modernos. Las drogas adictivas habían llegado a la comunidad y, con ellas, el delito violento, y esas no eran fuerzas que ella pudiera combatir.
La idea del declive microbiano no la sorprendió ni la desconcertó. Por supuesto que algo estaba muriendo dentro de nosotros, dijo. La gente estaba dándole la espalda a lo sagrado y a los demás. No hacían falta microscopios para verlo.
De regreso en su laboratorio de la Universidad de Kiel, una década después del inicio de la búsqueda global de la organización, Poyet y su equipo seguían avanzando. Habían encontrado al menos un microbio que consume colesterol antes de que pueda acumularse en la sangre y lo transforma en coprostanol, que puede eliminarse a través de las heces. Entre los hadza de Tanzania, donde esos microbios están presentes, las enfermedades cardíacas son poco frecuentes. Pero desentrañar esa correlación requerirá más trabajo. “Primero queremos saber qué otras bacterias hacen esto y en qué circunstancias”, me dijo Ana Paula Schaan, becaria posdoctoral del equipo de Poyet. “Después queremos averiguar qué personas portan estas bacterias y qué determina su presencia en el intestino. Y luego, una vez que entendamos cómo funciona todo, tal vez algún día podamos aprovecharlo para desarrollar terapias”.
Mientras tanto, otros científicos recurrieron al biobanco de la organización para formular sus propias preguntas. Ran Blekhman, biólogo computacional de la Universidad de Chicago, está comparando el efecto que distintos microbiomas tienen sobre las células intestinales humanas. Los microbiomas urbanos interactúan de manera diferente con esas células que los rurales, dice. Todavía intenta entender por qué y cómo. Jason Zhang, microbiólogo del Boston Children’s Hospital, descubrió que a los niños con alto riesgo de obesidad les falta una bacteria intestinal que los científicos creen que desempeña un papel en la producción de GLP-1, una hormona intestinal y neuropéptido de origen natural. Y Rachel Carmody, profesora e investigadora del Departamento de Biología Evolutiva Humana de Harvard, utilizó muestras de la organización para estudiar el impacto de distintos microbiomas sobre el metabolismo.
Hasta ahora, sin embargo, las terapias basadas en el microbioma siguen ofreciendo resultados dispares. Está claro que, al menos en algunos casos, los microbiomas pueden modificarse con éxito: los trasplantes fecales son hoy un tratamiento habitual para la infección recurrente por Clostridium difficile, que puede ser mortal, y la mayoría de los médicos coincide en que los probióticos pueden ayudar a prevenir las infecciones intestinales que a veces provoca el uso de antibióticos. Pero múltiples estudios muestran que la siembra vaginal —la práctica de untar a los bebés nacidos por cesárea con microbios procedentes del canal de parto de sus madres— no altera significativamente el microbioma del bebé ni lo protege contra trastornos autoinmunes. Y, casi 20 años después de que los científicos identificaran por primera vez la relación entre el peso corporal y los microbios intestinales, la mayoría admite que el vínculo entre las bacterias y el peso es demasiado complejo como para ofrecer una solución milagrosa para adelgazar.
Del mismo modo, Blekhman, Carmody y otros sostienen que, especialmente en Estados Unidos, la creciente industria del bienestar está simplificando y vendiendo en exceso el propio concepto de microbioma. “Ves a todas estas empresas e influencers promocionando pruebas de microbioma, suplementos y dietas especializadas”, dice Blekhman. Pero muchos de esos productos no demostraron funcionar, y algunas de esas dietas son directamente peligrosas (personas se enfermaron gravemente e incluso algunas murieron por consumir leche cruda o vegetales fermentados incorrectamente, por ejemplo). Lo único que los científicos pueden afirmar con confianza, bromeó Blekhman, “es que la fibra probablemente sea buena para vos”.
En sus esfuerzos por comprender más, Groussin y Poyet ampliaron su programa de muestreo para incluir no sólo participantes sanos, sino también personas con enfermedades inflamatorias intestinales o cáncer colorrectal. Su esperanza es que, al comparar microbiomas enfermos —entre sí y con microbiomas saludables— puedan identificar las diferencias más importantes entre la salud y distintos estados de enfermedad. ¿La progresión hacia una enfermedad varía según la geografía, o es universal para un trastorno determinado? ¿Ciertas bacterias o combinaciones de bacterias protegen contra determinadas enfermedades, o tal vez las desencadenan? Y, si es así, ¿bajo qué circunstancias? “Teniendo en cuenta cuánto pueden variar los microbiomas saludables entre distintas regiones”, me dijo Poyet, “caracterizar los no saludables parece una necesidad”.
También está utilizando un biorreactor, una especie de intestino artificial, para estudiar mejor el impacto que tienen los antibióticos, los cambios en la dieta y otras fuerzas externas sobre los microbiomas que ella y Groussin recolectaron. La clave para ese trabajo sigue siendo, como siempre, reunir tantos microbiomas de tantos lugares diferentes como sea posible. “Todavía encontramos microbios nuevos en todos los sitios a los que vamos”, dijo. “Según los datos que tenemos hoy, no estamos ni cerca del punto de saturación”.
A fines de 2024, mientras Groussin recorría Paraguay, Poyet estaba planificando la siguiente expedición del grupo, en el este de Borneo. Ella y Groussin esperaban recolectar muestras de microbioma de una tribu de nómades marinos conocidos como los bajau, que vivieron durante siglos en pequeñas casas flotantes en las remotas aguas del archipiélago malayo. Los bajau son famosos por sus enormes bazos, que les permiten contener la respiración durante hasta 13 minutos y practicar pesca submarina a profundidades superiores a los 60 metros. Durante mucho tiempo, los científicos atribuyeron estas características a la genética. Pero, dada la aparente variabilidad infinita que observaron en el microbioma, Poyet, Groussin y otros cazadores de microbios pensaron que este también podría desempeñar un papel. Harían ese viaje en 2025, recolectarían muestras de la tribu y comenzarían así el largo proceso para determinar si su intuición era correcta.
Por desconcertantes que resulten los microbiomas, de las muchas expediciones de la organización surgió un patrón consistente. Basándose en lo que observaron ellos y otros investigadores, Poyet y Groussin saben que, a medida que pasan de comunidades rurales o no industrializadas a comunidades urbanas o industrializadas, los microbiomas que estudian cambian. También tienen algunas ideas de por qué ocurre esto. El agua más limpia significa menos patógenos y menos enfermedades gastrointestinales, mientras que una mayor cantidad de alimentos procesados conduce a más enfermedades crónicas, como la obesidad y la diabetes. Aunque el consumo calórico tiende a aumentar a lo largo de este continuo, la ingesta de fibra generalmente disminuye y, cuando eso ocurre, los microbiomas tienden a despoblarse y volverse más vulnerables.
Intenté imaginar ese declive microbiano mientras dejábamos la reserva Cerro Itá Guazú y nos dirigíamos hacia las localidades cercanas a Asunción. Imaginé billones de bacterias intestinales enviándose señales frenéticamente entre sí mientras sus comunidades eran privadas de fibra, o distintas especies microbianas luchando por imponerse en medio de una repentina tormenta de azúcar agregado. Pensé en cómo esa agitación podría dar lugar a una inflamación desenfrenada o algo peor. Sabía que casi con certeza también intervenían otras fuerzas. Groussin había sido cuidadoso al explicar cómo los microbiomas se ajustaban en tiempo real a las realidades ambientales y culturales que él y sus colegas intentaban capturar. Pero era difícil no pensar en ese conflicto interno que describía como una metáfora de algo más grande. Si nuestros microbiomas intestinales estaban en declive, nuestras comunidades humanas no parecían estar mucho mejor.
La pobreza no era menos frecuente en las localidades que visitamos que en la reserva. El hambre no parecía ser un problema —muchos hogares tenían una o dos vacas y algunas gallinas, y al menos una comunidad había reunido recursos para comprar arroz y otros productos básicos al por mayor—, pero la buena alimentación representaba un desafío. El gobierno nacional había suspendido recientemente un programa que proporcionaba desayuno, almuerzo y refrigerios nutritivos a todos los niños en edad escolar, y algunas comunidades temían que eso provocara desnutrición. La atención médica y los servicios municipales eran, en gran medida, tan precarios como la alimentación. Un hospital que visitamos estaba lleno de enfermeras, pero los residentes aseguraban que a menudo carecía incluso de los medicamentos más básicos. El agua salía de las canillas apenas unas pocas horas por día y normalmente con muy baja presión. Como resultado, la higiene era deficiente y los parásitos y problemas gastrointestinales eran alarmantemente comunes.
Sandoval Espínola esperaba que los datos básicos sobre el microbioma fueran suficientes para impulsar a los responsables de las políticas públicas a abordar algunos de estos problemas sanitarios a gran escala. Entre otras cosas, él y sus colegas ya habían encontrado bacterias Collinsella, asociadas con enfermedades crónicas en Estados Unidos y Europa Occidental, sorprendentemente abundantes en los microbiomas intestinales de Asunción. “Va a hacer falta más trabajo para saber si esa correlación es la misma acá”, dijo. “Pero si podemos decirles a los funcionarios que ciertas comunidades marginadas presentan marcadores bacterianos elevados para enfermedades cardiovasculares o diabetes, tal vez finalmente los convenzamos de que esas comunidades necesitan alimentos más nutritivos, no solo dietas altas en calorías”. La diabetes y las enfermedades cardíacas son afecciones costosas de tratar. Frente a una epidemia de cualquiera de ellas, incluso los líderes más obstinados elegirían la prevención antes que seguir ignorando el problema. Al menos eso esperaba él.
Mientras tanto, él y sus colaboradores clínicos desarrollaron un servicio mediante el cual, por US$ 250, los pacientes de Asunción podían secuenciar su microbioma intestinal y recibir una puntuación codificada por colores (rojo es malo, amarillo es promedio y verde es bueno), además de un informe sobre cómo mejorarlo. “No existe algo así como un microbioma intestinal normal”, me dijo, reconociendo una idea que se había vuelto recurrente durante el viaje. “Pero si sabés que ciertos patrones tienden a correlacionarse con dietas deficientes, diabetes o enfermedades cardiovasculares, podrías intervenir antes”.
Como prueba de que el programa estaba dando resultados, contó la historia de una mujer que decidió secuenciar su microbioma después de que varios médicos no lograran identificar la causa de su diarrea persistente. “Resultó tener un exceso de Fusobacterium, que se relacionó con infecciones bucales, al menos en algunas poblaciones”, dijo. “Fue al dentista una vez y su condición mejoró casi de inmediato”. El servicio seguía siendo, de algún modo, un lujo. Las muestras debían procesarse y analizarse en Estados Unidos y la mayoría de los habitantes de Asunción no podía afrontar ese costo. Pero el interés estaba creciendo rápidamente y uno de los principales objetivos de Sandoval Espínola era reducir el precio para que más paraguayos pudieran acceder a él.
Por su parte, Groussin sabía que gran parte de lo que estábamos viendo en las comunidades —malas políticas alimentarias, servicios municipales deficientes— terminaría reflejándose en los intestinos de los participantes de su estudio, y deseaba contar con datos de encuestas mucho más detallados para ayudar a interpretar todo eso. “Sería bueno tener algo así como un historial de 20 años de todos los cambios ocurridos en tu comunidad”, dijo. “¿Cuándo llegó la plomería interna? ¿Cómo cambiaron los misioneros, los teléfonos celulares y las motocicletas la forma en que viven?”.
Él y Poyet ya habían comenzado a hablar sobre cómo podrían captar ese tipo de información. Discutieron la posibilidad de regresar a los lugares que ya habían visitado y recolectar nuevas muestras en las mismas comunidades para observar cómo cambiaban sus microbiomas con el tiempo. Lo que realmente necesitaban, parecía, no era solo una organización, sino un verdadero observatorio global de microbiomas que monitoreara esos ecosistemas internos a lo largo de los años.
Tenían pocas dudas de que el microbioma terminaría cambiando la forma en que entendemos nuestros cuerpos y abordamos nuestra salud. Groussin sospechaba que, a medida que la comprensión pública alcanzara al conocimiento científico, el microbioma dejaría de parecerse a una especie de dios rudimentario al que la gente culpa o ante el que se inclina, para convertirse en algo más parecido a un barómetro interno, profundamente afinado y altamente individualizado, que intentaríamos monitorear y mantener de la mejor manera posible. Pero ese cambio sería gradual y no modificaría el verdadero objetivo de Groussin y Poyet. No solo querían recolectar microbios o buscar posibles medicamentos milagrosos. Querían comprender la interacción entre humanos y microbios en toda su extrañeza y belleza.
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