La anatomía y fisiología del aparato digestivo es propia de este animal. Tiene un conjunto de particularidades que lo diferencian de otras especies y que van a regir la forma de absorción de los alimentos, la posibilidad de su utilización y las condiciones para una adecuada nutrición. En este aspecto, el organismo animal se encuentra con un conjunto de alimentos que están elaborados y provienen de sustancias orgánicas de gran complejidad. El proceso digestivo iniciado en la cavidad bucal provoca que los alimentos sean reducidos a partículas más pequeñas con la finalidad de absorberlos e incorporarlos al torrente circulatorio para ser distribuidos en los órganos.
Las particularidades fisiológicas que caracterizan el aparato digestivo pueden resumirse en una lenta masticación de los alimentos, un estómago de pequeña capacidad debe vaciarse varias veces al día, un intestino delgado donde se realiza la digestión promovida por los jugos y las secreciones (sintetizados en estómago, páncreas, intestino e hígado) dotadas por una variedad de enzimas, y un intestino grueso donde se realiza el ataque microbiano y la fermentación de los alimentos. Estas peculiaridades lo predisponen a problemas en el tránsito del alimento y pueden manifestarse con enfermedades como cólicos, diarreas, indigestiones e infosuras.
El equino cuando se encuentra con el alimento suele soplar sobre el mismo; si es muy polvoriento lo inhalará y será perjudicial para su sistema respiratorio. Los labios permiten tomar el alimento, los dientes incisivos sirven para realizar el corte del pasto, y con los premolares y molares ayudados por una importante salivación realizará una masticación cuidadosa. Luego lo tragará y atravesando el esófago llegará a su estómago, de baja capacidad, pues no supera los 10 a 15 litros, y su interior alberga glándulas productoras del jugo gástrico. En algún momento puede encontrar saliva, alimento y agua que exceden su espacio, obligándolo a enviar el contenido hacia el intestino delgado. Allí llegan elementos en un estado fluido, debe realizar su digestión y absorción. Además, mediante contracciones debe recorrer sus 22 metros de longitud.
El contenido alimentario llega al intestino grueso y allí se realiza la fermentación microbiana del pasto o fardo. El sistema se forma por varios integrantes y su preciso funcionamiento necesita de la armonía de sus miembros.